Den 1 januari 2012 trädde den nya lagen om Institutet för de inhemska språken i kraft (1403/2011), och samtidigt genomfördes en organisationsreform. Det finns numera bara tre substansavdelningar, finska språkvårdsavdelningen, ordboksavdelningen och svenska avdelningen. Institutets uppgifter är enligt lagen ”språkvård av finska och svenska språken, rådgivning och ordboksarbete samt forskning med anknytning till språkvård och ordboksarbete.”

Vid finska språkvårdsavdelningen (Kielitoimisto) bedrivs allmän språkvårdsverksamhet med bl.a. rådgivning, kursverksamhet och utgivning av olika språkriktighetsguider. Forskningen ansluter sig främst till myndighetsspråk.

Svenska avdelningen har två huvuduppgifter, språk- och namnvård och ordboksarbete.

Inom ordboksavdelningen redigeras tre olika ordböcker, den moderna allmänspråkiga ordbok­en Kielitoimiston sanakirja, den finska dia­lektordboken och en ordbok över äldre skriven finska (med delfinansiering från Kone-stiftelsen).

I och med omorganiseringen flyttades sammanlagt elva tjänster bort från institutet, tio till olika universitet och en till Dövas förbund. Det var åtta forskare som fick ny arbetsgivare medan tre av de överförda tjänsterna var vakanta.

Minoritetsspråksverksamheten vid institutet försvann så gott som helt. Det enda som återstår är koordinationen av de tre språknämnderna, Romska språknämnden, Samiska språknämnden och Teckenspråksnämnden. Den samiska forskningen och språkvården fördes över till Uleå­borgs universitet, den romska till Helsingfors universitet och arbetet med teckenspråksordböcker till Dövas förbund.

Biblioteket krympte också vid årsskiftet i och med att den s.k. finsk-ugriska samlingen med ca 60 000 volymer överfördes till Helsingfors universitet. Kvar blev ca 70 000 volymer. Biblioteket är öppet för allmänheten.

De olika arkiven integrerades i de substans­avdelningar de närmast ansluter sig till. För koordineringen av arkivverksamheten tillsattes (genom intern rekrytering) en materialspecialist. Det finns många olika arkiv inom institutet. De mest omfattande är finska dialektarkivet (ca 8 miljoner arkivsedlar), finska namnarkivet med 2,6 miljoner sedlar och finska bandarkivet med 23 000 timmar inspelat material, varav nästan 16 000 timmar digitaliserat. På finlandssvenskt håll är det Svenska litteratursällskapet som svarar för motsvarande arkivverksamhet, men Institutet för de inhemska språken har ett dialektarkiv och ett ortnamnsarkiv.

Svenska avdelningen berördes inte direkt av organisationsreformen utan kvarstår som tidigare. Dock har statens sparåtgärder drabbat även den svenska verksamheten. Tio tjänster finns kvar. Fem är språkvårdartjänster och en är en språk- och namnvårdstjänst. Fram till våren 2009 fanns det fyra tjänster inom Ordbok över Finlands svenska folkmål, men sedan den långvarige huvudredaktören Peter Slotte slutade har en tjänst har varit obesatt, och för närvarande verkar utsikterna för att kunna anställa en fjärde redaktör inte särskilt ljusa. Den tionde och sista tjänsten vid avdelningen innehas av avdelningsföreståndaren. Tjänsten i sig är inte definierad som administrativ utan den som leder avdelningen tar sin tjänst med sig från sina ordinarie uppgifter och använder ungefär hälften av arbetstiden på det administrativa.

Vid ingången av 2012 var antalet ordinarie tjänster vid Institutet för de inhemska språken 74. Antalet årsverken har minskat drastisk på kort tid, från 103 år 2009 till 87 år 2011.